Ecossistemas de água doce e marinhos interagem em ecossistemas costeiros, onde os dois ambientes se misturam em manguezais, estuários e baías, entre outros ambientes. A mistura de água doce e salgada dá origem a esferas ecológicas únicas e biodiversidade que não podem sobreviver em quaisquer condições, exceto aquelas fornecidas pelos ecossistemas costeiros.
Pântanos de mangue ocorrem onde água salgada e água doce se misturam, permitindo o crescimento de árvores de mangue altas que então formam cursos de água e piscinas devido ao crescimento de seus sistemas radiculares. Esses ambientes únicos de pântano são o lar de crustáceos, peixes e muitos outros tipos de animais que prosperam no interstício entre os ecossistemas.
Alguns animais podem se mover livremente entre a água doce e a salgada. Esses animais incluem o crocodilo de água salgada e várias espécies de peixes. Adaptados dessa forma, eles podem entrar e sair dos ecossistemas costeiros sem ter que se preocupar com danos aos seus órgãos devido à incapacidade de processar um dos ambientes dados.
Os ecossistemas costeiros são muito sensíveis à atividade humana e, devido à sua escala limitada e às altas taxas de diversidade especializada, podem ser gravemente danificados pela poluição e pela navegação. Muitos ecossistemas costeiros estão em risco devido ao transporte marítimo e outras atividades humanas dentro ou ao redor de suas fronteiras, tornando esses ecossistemas alguns dos mais frágeis do mundo.
