Dois aminoácidos em uma proteína são unidos por uma ligação peptídica ou ligação amida. Os aminoácidos são ligados pelo grupo alfa-carboxil de um com o grupo alfa-amino do outro . As proteínas são compostas por uma série de ligações peptídicas ligadas entre si para formar cadeias polipeptídicas lineares.
Quando dois aminoácidos são unidos em uma ligação peptídica, a reação causa a perda de uma molécula de água. Uma cadeia polipeptídica é polar porque tem extremidades diferentes, com um grupo alfa-carboxila em uma extremidade e um grupo alfa-amino na outra. As proteínas consistem em uma cadeia polipeptídica de 50 a 2.000 aminoácidos, unida por ligações peptídicas.