A faringe vem diretamente após a boca no sistema digestivo da minhoca, onde atua como uma bomba de sucção, sugando os alimentos. Ela também excreta muco para ajudar na digestão em estágios posteriores. Depois da faringe, vêm o esôfago, o papo, a moela e os intestinos.
Conforme o alimento passa da faringe para o esôfago, o esôfago libera carbonato de cálcio para livrar a minhoca do excesso de cálcio e controlar a acidez do alimento. O alimento então entra na cultura, onde é armazenado para uso posterior. Assim que a minhoca está pronta, o alimento passa para a moela, que usa pequenas partículas minerais ingeridas com o alimento combinadas com fortes contrações musculares para triturar o alimento. Finalmente, o intestino libera substâncias químicas para ajudar na digestão e absorver todos os nutrientes liberados. Os produtos químicos que os intestinos liberam são enzimas, cada uma capaz de digerir proteínas, carboidratos ou gorduras.
Uma minhoca tem um ânus para liberar resíduos sólidos ou não digeridos, mas não é usado para muitos resíduos químicos e líquidos. Em vez disso, uma minhoca possui múltiplas estruturas análogas aos rins humanos em muitos de seus segmentos. Eles removem toxinas e resíduos metabólicos do sangue e liberam os resíduos de vários poros ao longo das laterais do corpo.
