A função do sistema imunológico é defender o corpo contra organismos infecciosos e outros intrusos. Isso ocorre principalmente por meio da ação dos glóbulos brancos. Os fagócitos destroem células e organismos não nativos, enquanto os linfócitos aprendem com as infecções e permitem que o corpo lute contra infecções repetidas com mais facilidade. A imunização usa linfócitos para aumentar a defesa do corpo contra doenças, treinando as células para atingir células infecciosas enfraquecidas ou mortas.
Muitos dos sintomas de doenças que os doentes associam a um determinado vírus ou infecção bacteriana são, na verdade, o próprio sistema imunológico do corpo tentando livrar o sistema do intruso. Por exemplo, quando o corpo detecta o resfriado comum por rinovírus, ele ativa as membranas para produzir um excesso de muco para evitar mais intrusos e expulsar aqueles que já estão no corpo. O aumento da temperatura corporal ajuda a danificar os microorganismos invasores, e o aumento da resposta à tosse ajuda a limpar os pulmões. Até os sintomas da diarreia são uma resposta imunológica, uma tentativa de remover potenciais contaminantes do sistema digestivo.
O sistema imunológico do corpo também pode ser um obstáculo, em alguns casos. Algumas doenças e alergias são causadas por um sistema imunológico hiperativo, tendo como alvo as próprias células do corpo ou intrusos relativamente inofensivos em vez de patógenos potenciais. A artrite reumatóide, por exemplo, é causada pelo sistema imunológico que atinge as articulações e causa danos.