Bactérias e protozoários estão relacionados de forma muito distante, com bactérias classificadas como procariontes e protistas como eucariotos. Isso significa que os protozoários estão mais intimamente relacionados aos humanos do que às bactérias. Os dois organismos são estruturalmente distintos. As células bacterianas não têm núcleo e os protozoários contêm organelas, como as mitocôndrias.
As bactérias são geralmente menores do que os protozoários, que freqüentemente se alimentam de bactérias. Todos os protozoários "comem" envolvendo suas presas em pequenos bolsões chamados vacúolos, enquanto as bactérias podem absorver nutrientes através de suas paredes celulares. As bactérias quase sempre se reproduzem por fissão binária simples. Embora alguns protozoários também usem esse método, alguns se dividem em mais de dois descendentes e alguns se reproduzem sexualmente.
