As cobaias e os hamsters diferem em tamanho, expectativa de vida, horário de sono, distribuição nativa, sociabilidade e agrupamento biológico. Embora sejam ambos tipos de roedores, os hamsters são da família Cricetidae e, na verdade, são mais intimamente relacionado com ratos ou ratazanas do que com cobaias. As cobaias pertencem à família Caviidae, um grupo de roedores exclusivo da América do Sul.
As cobaias vendidas no comércio de animais de estimação não existem mais na natureza. Eles foram desenvolvidos como animais domésticos ao longo de milhares de anos, inicialmente como fonte de alimento para os povos nativos da América do Sul. Eles ainda são comidos em certos países, enquanto os hamsters domésticos nunca foram criados como animais de alimentação. Os hamsters domésticos constituem várias espécies diferentes; existe apenas uma espécie de cobaia doméstica. A distribuição nativa de hamsters é a Europa, Ásia e África, muito longe da distribuição nativa de porquinhos-da-índia.
As cobaias são maiores e, em alguns casos, muito maiores do que os hamsters, principalmente as variedades anãs. As cobaias crescem entre 20 e 30 centímetros de comprimento; hamsters anões podem ter até 2 polegadas. As cobaias também vivem muito mais tempo do que os hamsters. As cobaias mais velhas podem viver 14 anos. O hamster em cativeiro com vida mais longa registrado viveu por 10 anos, mas a maioria vive apenas de dois a quatro anos.
Os hamsters são mais ativos à noite e dormem durante o dia. As cobaias são mais ativas durante o amanhecer e o anoitecer. As cobaias têm um repertório de vocalizações maior do que os hamsters, incluindo guinchos e gritos. As cobaias são animais sociáveis e mais amigáveis ao manejo humano, enquanto a maioria das espécies de hamsters são solitárias e podem lentamente ser afetadas pelo manejo de seus donos.
