O cromossomo que carrega o menor número de genes é o cromossomo Y. O cromossomo Y carrega apenas cerca de 344 genes. Os genes do cromossomo Y determinam o sexo e codificam as características sexuais masculinas.
A ausência ou presença do cromossomo Y determina o sexo de um ser humano. O cromossomo Y é pareado com o cromossomo X; este par é chamado de cromossomos sexuais. Os homens têm um cromossomo X e um Y. Quando um homem produz células de esperma, o cromossomo Y, por ter menos genes que o cromossomo X, não pode trocar material genético com seu parceiro. O cromossomo Y, portanto, passa de uma geração masculina para a próxima geração masculina em uma forma relativamente inalterada. O cromossomo X é muito maior do que o cromossomo Y. Uma mulher possui dois cromossomos X. Quando seu corpo forma óvulos, pedaços de cada cromossomo X se quebram e se recombinam para criar novas combinações genéticas.