Os dois grupos funcionais sempre encontrados nos aminoácidos são os grupos carboxila e amino. Ambos os grupos são ácidos. Uma ligação peptídica ocorre quando o grupo carboxila de um aminoácido se junta à extremidade amino de outro.
Um grupo carboxila consiste em um átomo de carbono, dois átomos de oxigênio e um átomo de hidrogênio. O grupo amino consiste em um átomo de nitrogênio e dois átomos de hidrogênio. Os grupos carboxila e amino estão em extremidades opostas de um aminoácido.
Dois aminoácidos formam uma ligação peptídica, ou amida, quando se unem. As extremidades amino e carboxila dos dois aminoácidos se unem, e o nitrogênio do grupo amino se liga ao carbono no grupo carboxila. Os hidrogênios no grupo amino e um oxigênio no grupo carboxila se combinam para formar uma molécula de água.
