A principal diferença entre protistas e monerans é que os protistas são eucarióticos, enquanto os monerans são procariontes. Protistas, como as amebas, estão mais intimamente relacionados aos humanos do que aos monerans, como as bactérias.
Monerans e protistas são organismos unicelulares, mas suas semelhanças terminam em grande parte no nível da anatomia geral. Monera é um grupo que inclui todas as bactérias verdadeiras, enquanto o Reino Protista contém algas unicelulares, amebas e paramécios. Os protistas têm membranas externas relativamente simples e paredes celulares igualmente simples ou ausentes. Monerans têm paredes celulares quimicamente complexas e, com muito poucas exceções, não possuem os cílios, flagelos ou pseudópodes comuns entre os protistas. Os protistas têm núcleos celulares discretos que contêm DNA de orientação linear organizado em vários cromossomos. Monerans não têm núcleo e seu DNA é organizado como um único cromossomo em forma de anel. Os protistas, como acontece com todos os eucariotos, realizam a síntese de proteínas com a ajuda de componentes celulares distintos chamados organelas, dos quais faltam completamente os monerans. Os protistas podem se reproduzir sexualmente ou assexuadamente, dependendo da espécie e do ambiente, enquanto os monerans geralmente se reproduzem assexuadamente via fissão binária. Monera é de longe o maior e mais diverso reino da vida, enquanto os protistas mantêm uma relativa similaridade em química, anatomia e comportamento.
