O ecoturismo pode trazer os fundos necessários para os esforços de conservação em todo o mundo, mas também pode prejudicar a vida selvagem e as populações locais, se não for tratado corretamente. Quanto mais visitantes um ecossistema frágil tiver a cada ano, maior será a probabilidade de o tráfego causar danos aos habitats e afetar o meio ambiente local. O ecoturismo também pode trazer investimento externo e desenvolvimento para uma região à custa de empregos e infraestrutura locais.
Uma grande desvantagem do ecoturismo é que ele freqüentemente converte a economia local em uma economia turística, sufocando as perspectivas econômicas naturais da área em favor do atendimento a estrangeiros ricos. Isso pode destruir a indústria e a agricultura locais, já que os trabalhadores encontram melhores salários para servir os hóspedes e pode levar a uma queda na economia. Um influxo externo de dinheiro pode compensar isso um pouco, mas torna a economia local totalmente dependente de fundos estrangeiros, o que é uma situação econômica precária.
Os departamentos de turismo devem encontrar um equilíbrio entre o acesso à vida selvagem rara e a proteção de plantas e animais ameaçados. Se os turistas não puderem ver habitats raros e seus ocupantes, não há razão para visitar a área, mas muito tráfego pode ter um efeito negativo. Se forem mal regulamentados, os guias locais podem oferecer aos visitantes a chance de contornar as atividades regulamentadas, possivelmente prejudicando os animais no centro da indústria do ecoturismo.
