O clima da zona entre-marés depende do clima da região circundante. Por exemplo, o clima da zona entre-marés ao longo da costa da Antártida é gelado e volátil, enquanto o clima do a zona intertidal de uma ilha tropical é quente e estável.
Como a água da zona entre-marés é muito rasa, ela está sujeita a alterações de acordo com as condições climáticas do ar acima. Em regiões com padrões climáticos que mudam com frequência, as zonas entre-marés podem carecer de biodiversidade, uma vez que muitos organismos aquáticos não são capazes de se adaptar ao clima instável. Outra barreira para a biodiversidade é o alto teor de sal de muitas zonas intertidais.
