As principais causas da poluição da água na África são: urbanização, desmatamento, processos industriais, mineração e agricultura. A poluição da água pode ser descrita como a contaminação de corpos d'água como oceanos, lagos, aqüíferos e rios. Ocorre quando os poluentes são despejados em corpos d'água sem remover ou tratar os compostos prejudiciais.
Conforme mais pessoas se mudam para vilas e cidades na África, eles contribuem para uma série de fatores que levam à poluição da água. A urbanização resulta em congestionamento nas áreas urbanas, o que resulta em gestão e tratamento de esgoto inadequados. Quando o esgoto não tratado dessas áreas urbanas congestionadas é lançado em corpos d'água, ele causa poluição. Produtos químicos de indústrias em áreas urbanas também causam poluição da água.
Limpar terras para o crescimento urbano e agricultura leva à poluição da água. Quando o solo é deixado sem cobertura, ele se torna sujeito à erosão. O solo é levado para corpos d'água quando chove, tornando a água suja e imprópria para o uso humano.
Muitos países em desenvolvimento na África estão experimentando um rápido crescimento industrial sem medidas adequadas de eliminação de resíduos em vigor. As indústrias produzem resíduos que alteram o pH da água, mudam sua cor e levam à eutrofização, um processo no qual o excesso de nutrientes causa o crescimento excessivo das plantas que, por sua vez, cria mais poluição.
Muitos países africanos, como Nigéria e África do Sul, têm muitas atividades de mineração em andamento, o que aumenta a quantidade de sais e minerais depositados em corpos d'água e afeta o pH da água.
A maioria das economias africanas depende da agricultura. Alguns métodos usados na agricultura aumentam a erosão do solo e usam fertilizantes e pesticidas em excesso. Quando chove, o solo solto, o excesso de fertilizantes e pesticidas são arrastados para os corpos d'água, causando a poluição da água.