A cadeia alimentar de um recife de coral começa com algas que produzem alimentos a partir da água, dióxido de carbono e luz solar, que são comidos por organismos microscópicos, invertebrados, peixes e tartarugas, que por sua vez são comidos por predadores. Todos os ecossistemas, incluindo ecossistemas de recifes de coral, têm produtores, consumidores e decompositores.
Os recifes de coral são criados por corais, animais invertebrados aparentados com anêmonas do mar e águas-vivas que vivem em grandes colônias e secretam esqueletos duros feitos de carbonato de cálcio. Os corais não podem produzir seu próprio alimento, mas muitos hospedam várias espécies de algas em seus tecidos que eles protegem e, em troca, recebem energia delas. Alguns corais consomem pequenos peixes ou invertebrados que flutuam. Outras algas vivem fora dos corais, como células individuais flutuantes ou como algas marinhas.
Corais e algas são comidos por vários tipos de peixes e outros animais. Peixes-borboleta, peixes-fila e donzelas são comedores de corais especializados, embora espécies diferentes comam partes diferentes dos corais. No final da cadeia alimentar estão os decompositores e detritívoros que decompõem os organismos mortos. No recife de coral, são principalmente bactérias. As espécies animais também contribuem para a reciclagem de nutrientes que as bactérias realizam, incluindo pepinos-do-mar, caracóis, caranguejos e vermes de cerdas.
