Um dos fatores que afetam a atividade da enzima é o pH. Se houver pequenas mudanças no pH, a enzima desnaturará e a atividade catalítica será perdida.
Outro fator é a temperatura. As reações catalisadas por enzimas terão sua taxa aumentada com o aumento da temperatura. Como as enzimas são proteínas, elas se tornam desnaturadas e se tornam inativas em temperaturas mais altas.
A concentração da enzima também afeta a atividade. Se a concentração da enzima é aumentada enquanto a concentração do substrato é mantida constante, a taxa da reação irá dobrar conforme a concentração da enzima dobra. Isso se deve ao fato de que a concentração molar da enzima sendo usada quase sempre será menor do que a concentração molar do substrato.