Microrganismos unicelulares, chamados de anaeróbios obrigatórios, usam estritamente a respiração anaeróbica para a produção de energia. Exemplos comuns de anaeróbios obrigatórios são algumas espécies de bactérias, como Clostridium tetani, Clostridium botulinum, Clostridium perfringens, Clostridium sporogenes e Clostridium difficile.
A respiração anaeróbia é o processo de produção da molécula de adenosina trifosfato de alta energia, ou ATP, na ausência de oxigênio. Em termos de tolerância ao oxigênio, os micróbios são classificados em cinco: anaeróbios obrigatórios, aeróbios obrigatórios, microaerófilos, aerotolerantes e facultativos.
Obrigar anaeróbios são incapazes de sobreviver na presença de oxigênio devido à falta de catalase e superóxido dismutase, que são enzimas que catalisam a quebra de substâncias nocivas. Esses organismos utilizam as vias de respiração anaeróbica para criar ATP para várias funções celulares. Em comparação com a respiração aeróbica, que é impulsionada principalmente pelo oxigênio, as vias anaeróbias são consideravelmente menos produtivas.