Os bacilos freqüentemente apresentam resistência a ambientes agressivos, como calor, radiação, desinfetantes e secagem devido aos seus endosporos. De acordo com MicrobiologyBytes, os esporos de Bacillus têm uma cobertura externa dura feita de queratina, o que os torna altamente resistentes ao calor e a produtos químicos.
De acordo com o Departamento de Microbiologia da Universidade Cornell, os endosporos do Bacillus dão ao organismo a capacidade de se desenvolver e crescer em ambientes difíceis, como desertos, fontes termais, solos árticos e sedimentos marinhos. Os endosporos são uma forma dormente da bactéria e apenas alguns gêneros de bactérias, como Bacillus e Clostridium, são capazes de formar endosporos. O bacilo é encontrado no solo, enquanto o Clostridium pode ser encontrado no trato gastrointestinal de animais.
Os endosporos se formam em condições de inanição. Cornell explica que um único endosporo se forma dentro de uma bactéria por um processo chamado esporulação, que requer muito tempo e energia da bactéria. Uma vez formadas, várias camadas de camadas resistentes, como um córtex, uma camada de esporos e, às vezes, um exosporium, cobrem o endosporo completo. Até que uma variedade de fatores ambientais estimulem a germinação, o endosporo sobrevive e espera sua hora. Uma vez encorajada a crescer, uma conseqüência de uma única bactéria é produzida a partir da germinação. Os endosporos de Bacillus são uma adaptação altamente eficaz na sobrevivência.