As proteínas têm estruturas complexas ditadas pelas cadeias laterais de seus aminoácidos. A natureza das cadeias laterais pode mudar quando o pH de seu ambiente muda, o que pode afetar toda a estrutura da proteína e torná-la inativa.
Todas as enzimas são proteínas e sua função depende da estrutura da enzima. A estrutura de uma proteína é ditada por três níveis. A estrutura primária refere-se à sequência de aminoácidos. A estrutura secundária inclui as dobras locais que formam hélices alfa ou folhas beta. A estrutura terciária é formada pela combinação das estruturas secundárias. As estruturas secundária e terciária são formadas por ligações entre as cadeias laterais dos aminoácidos. As enzimas têm um local específico, denominado local ativo, que se liga ao substrato com o qual reagem para provocar uma mudança fisiológica na célula. Se a estrutura do sítio ativo mudar, a enzima pode ser inativada. Mudar o pH do ambiente da enzima pode mudar a natureza das cadeias laterais da enzima e as ligações que elas formam. Isso leva a uma estrutura diferente da forma ativa da enzima. A maioria das enzimas e proteínas tende a funcionar em pH neutro. Existem algumas enzimas que funcionam em um pH mais baixo, como as encontradas no estômago. Nesses casos, mudar o pH para um pH neutro os inativa.
