A clonagem cria polêmica por várias razões, amplamente categorizadas como preocupação com a segurança humana e preocupação com tratamento impróprio ou antiético de animais. A clonagem atrai resistência de alguns para alterar os processos biológicos para melhorar ou criar certas características, como uma cor mais brilhante, tamanho maior ou pelo mais macio. Alguns argumentam que essas mudanças entram em conflito com as normas biológicas e representam riscos de doenças e enfermidades para humanos e outros animais expostos a organismos geneticamente alterados.
A clonagem atrai críticas no contexto da replicação de animais e plantas e atrai ainda mais críticas quando aplicada a humanos. Enquanto alguns pesquisadores e cientistas elogiam a clonagem por erradicar certas doenças e facilitar a imunização, outros citam a resistência a doenças e o desenvolvimento de novas alergias como contraponto. Alguns pesquisadores, por exemplo, acreditam que beber leite de animais clonados, fortificado com nutrientes e antibióticos, pode controlar a propagação de doenças em áreas pobres, provando ser mais eficaz e menos caro do que as vacinas tradicionais.
Outros, como os defensores do bem-estar animal, acham que essas medidas são experimentais e não baseadas em anos de estudos científicos, o que levanta questões de segurança. A clonagem tem críticas entre alguns biólogos sobre as preocupações de que a seleção e substituição artificial de genes, em última análise, muda algumas espécies, colocando-as em risco de mutações, defeitos e até extinção, à medida que a variação genética diminui com o tempo.
