A clonagem é um assunto controverso devido a questões éticas, filosóficas e religiosas inerentes envolvidas, como diminuir a singularidade do indivíduo e a chance de falha biológica, conforme visto em experimentos com mamíferos. Um humano clonado a família do ser, por exemplo, dificilmente o verá como o original.
O argumento mais concreto contra a clonagem é que ainda é uma tecnologia nascente que está sujeita a altas taxas de falha. É plausível que a clonagem e a engenharia genética relacionada possam levar à objetificação dos seres humanos pelo potencial de mudar características indesejáveis ou começar de novo. Além disso, a "ladeira escorregadia" de legalizar e aceitar a clonagem como sociedade pode levar a outras tecnologias radicais que comprometem a identidade.
