Todas as bactérias patogênicas, por definição, vivem dentro do corpo humano, porque esse é o método pelo qual elas causam doenças. Um patógeno é qualquer coisa que causa doenças em seu hospedeiro; sem o hospedeiro, a doença não é possível, pois a doença é um padrão de atividade prejudicial dentro do hospedeiro.
Grandes quantidades de bactérias vivem no corpo humano. A maioria é inofensiva, alguns são benéficos e alguns são patogênicos. Todos os três grupos geralmente vivem nas mesmas localizações corporais. Por exemplo, o trato gastrointestinal humano é especialmente rico em bactérias, incluindo espécies que geralmente são consideradas patogênicas, como E. coli.
Nem todas as cepas de E. coli causam intoxicação alimentar e, de fato, a maioria é inofensiva. É somente quando o corpo fica desequilibrado devido a uma condição crônica, como a desnutrição, que as bactérias patogênicas são capazes de se firmar e sobrepujar bactérias inofensivas ou benéficas nessas áreas do corpo. Em outros casos, bactérias patogênicas invadem deliberadamente partes do corpo que normalmente estão livres de bactérias, como ocorre com a meningite bacteriana.
As bactérias em geral são um grupo de organismos extremamente resilientes e de amplo alcance. Eles vivem em quase todos os ambientes concebíveis e são onipresentes nos sistemas hídricos e no solo por toda a Terra. As bactérias patogênicas nem sempre estão claramente separadas de outros grupos bacterianos não patogênicos, exceto em seu padrão de causar doenças e danos aos hospedeiros. Bactérias patogênicas carregam genes de virulência, mas às vezes patógenos e não patógenos estão intimamente relacionados, se comportam da mesma maneira e vivem nos mesmos ambientes. Por exemplo, a bactéria que causa a cólera só difere de cepas inofensivas por carregar alguns genes que permitem que a bactéria produza uma toxina perigosa.
