Existem várias diferenças importantes entre as células vegetais e animais, como a estrutura da parede celular, a presença ou ausência de plastídios, lisossomas e centríolos e a forma dos vacúolos. Essas características são as diferenças primárias e mais distintas entre células vegetais e animais. No entanto, eles só existem em organismos classificados como eucarióticos e ocorrem principalmente em organelas centrais.
A estrutura da parede celular varia consideravelmente entre células vegetais e animais. Nas células vegetais, as paredes têm forma, mas carecem de uma estrutura rígida e claramente definida; os biólogos referem-se a isso como tendo paredes quase presentes. As células animais, por outro lado, não têm paredes celulares presentes fora de suas membranas celulares. Nas células vegetais, os plastídios estão localizados no citoplasma, enquanto as células animais não possuem plastídios. A maioria das células animais contém lisossomas, que estão localizados principalmente em seus citoplasmas. As células vegetais normalmente não têm lisossomos; se o fizerem, essas estruturas também estão localizadas em seus citoplasmas. Organelas chamadas centríolos ocorrem em algumas células vegetais, mas são encontradas apenas em células de variedades vegetais inferiores. Centríolos são encontrados em todas as células animais, no entanto. A última diferença primária entre as células vegetais e animais é que todas as células vegetais contêm estruturas chamadas vacúolos, que são preenchidos com seiva celular semelhante a um gel. Algumas células animais também contêm vacúolos; se presentes, esses vacúolos são temporários ou pequenos e contráteis.
