A nomenclatura das bactérias é feita de acordo com o sistema binomial introduzido por Carl Linnaeus. Uma bactéria tem um nome de gênero, que indica o gênero ao qual pertence, e um epíteto de espécie. Os epítetos identificam unidades subordinadas dentro de um gênero. O nome do gênero e o epíteto da espécie juntos formam o nome científico, ou o nome da espécie, da bactéria. O nome é formado por palavras latinas ou gregas latinizadas.
"Código Internacional de Nomenclatura de Bactérias" é o livro que contém as rígidas regras internacionais para a nomenclatura de bactérias. Antes da aceitação de uma proposta de nome de uma espécie de bactéria, as regras exigem a publicação de um artigo científico sobre a espécie e a aprovação do artigo por um comitê internacional de taxonomia. O nome científico é sempre escrito em itálico. A nomenclatura de um gênero bacteriano é freqüentemente simplificada pelo uso de nomes triviais, que não são escritos em itálico ou com uma primeira letra maiúscula. Lactobacilos, estafilococos, micobactérias, salmonelas e estreptococos são alguns nomes triviais. Nunca use o nome trivial de um gênero completo para se referir a uma espécie bacteriana específica. Às vezes, é essencial dividir uma espécie bacteriana em subespécies. Um epíteto de subespécie é usado para introduzir uma subespécie. O epíteto é indicado escrevendo ssp. ou subsp. na frente dele.
