As células animais contêm estruturas como lisossomos e centríolos que as células vegetais não possuem. As células animais também são geralmente menores e têm mais variedade de formatos do que as células vegetais.
Ambas as células animais e vegetais são eucarióticas, o que significa que têm um núcleo e organelas ligadas à membrana. No entanto, as células animais e vegetais têm várias diferenças na estrutura que refletem suas diferentes funções. As células animais contêm lisossomas, organelas que digerem grandes moléculas. Na maioria das células vegetais, os vacúolos, ao invés dos lisossomas, são responsáveis pela quebra das macromoléculas. As células animais também contêm vacúolos, mas, onde as células vegetais geralmente possuem um único vacúolo grande, a maioria das células animais contém vários vacúolos pequenos.
Durante a divisão celular, as células animais dependem dos centríolos para organização e regulação à medida que os cromossomos se alinham para se dividir; as células vegetais não têm essas organelas em forma de cilindro. Como as células animais não têm a parede celular rígida das células vegetais, tendo apenas uma membrana celular flexível, elas têm muito mais diversidade de formas. Isso também significa que as células animais dependem de estruturas internas para suporte celular, em vez de obter suporte de uma parede celular.
As células vegetais e animais precisam armazenar energia, mas conseguem isso de maneiras diferentes. As células animais utilizam um carboidrato complexo, o glicogênio, para armazenar energia, enquanto as células vegetais armazenam energia na forma de amido.