Microbiota transitória são microorganismos que normalmente não vivem e não se reproduzem dentro ou sobre o corpo humano. Embora esses tipos de organismos possam colonizar um hospedeiro e se reproduzir brevemente, as defesas do corpo humano não permitem para que se tornem permanentes.
A microbiota transitória que foi coletada pode ser facilmente removida da pele. Em contraste, a microbiota normal não pode ser removida da pele durante a lavagem normal das mãos. O maior perigo representado pela microbiota transitória é sua capacidade de entrar no corpo humano e causar doenças. Normalmente, os microrganismos entram no corpo humano através de portas de entrada naturais ou fissuras na pele.