O ciclo do nitrogênio de um aquário é o processo pelo qual um novo aquário passa para estabelecer colônias de bactérias, de acordo com About.com. Conforme os peixes excretam resíduos e plantas dentro do aquário se deterioram, as bactérias crescem para converter esses resíduos em subprodutos menos tóxicos. Os peixes estão em risco até que haja bactérias suficientes.
No estado inicial do ciclo do nitrogênio, os resíduos dos peixes são transformados em amônia, que pode ser tóxica se deixada por três dias ou mais. No estágio seguinte, as bactérias oxidam e eliminam a amônia, mas produzem nitrito como subproduto, que também é tóxico para os peixes. No estado final, diferentes bactérias convertem os nitritos em nitratos, que não são tóxicos em níveis baixos. Mudar a água rotineiramente ajuda a controlar os níveis de nitrato.