A hemofilia é cruzada em um quadrado Punnet 2 x 2 usando a técnica de cruzamentos híbridos únicos e ligados ao sexo. A característica em questão, hemofilia, deve ser indicada com um sobrescrito no cromossomo X. Normalmente, um H maiúsculo é usado para o gene normal; o minúsculo h é usado para denotar o gene da hemofilia. O preenchimento do quadrado de Punnet fornece as porcentagens previstas de crianças normais, portadoras ou hemofílicas.
Para configurar o quadrado de Punnet corretamente, algumas informações são necessárias sobre o gene em questão. Para hemofilia, é importante saber que é ligada ao sexo, carregada no cromossomo X e recessiva. Isso significa que as mulheres só terão hemofilia se ambos os cromossomos X contiverem o gene da hemofilia, porque um gene normal em um dos cromossomos X é dominante sobre o gene da hemofilia. Mulheres com apenas um gene de hemofilia são portadoras. Homens com o gene da hemofilia sofrem de hemofilia porque têm apenas um cromossomo X.
Para usar um quadrado Punnet em uma cruz entre duas pessoas, desenhe um quadrado 2 x 2. Escreva os cromossomos da mulher no lado esquerdo, observando se cada cromossomo é XH ou Xh. Em seguida, escreva os cromossomos do homem na parte superior, observando se seu cromossomo X é XH ou Xh. Em seguida, execute a cruz como faria em qualquer outro quadrado Punnet. Por exemplo, ao cruzar um homem com hemofilia e uma mulher que é portadora, os filhos serão os seguintes: 25% mulher portadora, 25% mulher com hemofilia, 25% homem normal e 25% homem com hemofilia.