As eubactérias se enquadram em quatro categorias primárias, que são eubactérias gram-positivas, proteobactérias, cianobactérias e espiroquetas. As eubactérias são muito mais comuns do que as arqueobactérias, que são membros intimamente relacionados da divisão procarionte. As eubactérias vivem em muitas áreas do mundo, incluindo alguns dos ambientes mais extremos e inóspitos.
Muitas eubactérias são distinguíveis apenas no nível celular mais complexo. As eubactérias gram-positivas são identificadas e classificadas com base em uma técnica chamada coloração de Gram. Este método envolve a detecção do volume de peptidoglicano que existe nas paredes celulares desses organismos. Se essa substância estiver presente, os corantes especiais remeterão essa informação aos pesquisadores, que poderão então classificar o organismo como gram-positivo. Essas bactérias são maliciosas, mas não mortais. Em humanos, eles causam doenças como faringite estreptocócica e infecções respiratórias. Proteobactérias incluem as eubactérias mais prevalentes e ativas. Um tipo de proteobactéria é a bactéria entérica, que inclui a espécie E. coli. Este grupo bacteriano inclui organismos que fixam nitrogênio convertendo o gás em substâncias usadas para criar aminoácidos e ácidos nucléicos. As cianobactérias incluem organismos que produzem oxigênio e se submetem à tarefa de fotossíntese. Essas bactérias são comumente chamadas de algas verde-azuladas e aparecem em lagos, riachos e outros corpos d'água. Por último, as espiroquetas são eubactérias em forma de espiral que existem nas formas aeróbia e anaeróbia.
