Eubactérias e arqueobactérias têm várias diferenças biológicas importantes, principalmente na estrutura da membrana e da parede de suas células. Eubactérias e arqueobactérias têm estruturas celulares gerais semelhantes, mas a composição e o layout desses componentes celulares são notáveis diferente. Os arqueiros, como as eubactérias, não têm membranas internas e usam flagelos para manobrar, mas têm paredes celulares compostas de peptidoglicano
Além de diferirem em suas estruturas celulares, eubactérias e archaea têm flagelos diferentes. Os flagelos encontrados nas arqueobactérias derivam da variedade bacteriana dos pili do tipo IV, enquanto os flagelos das eubactérias vêm do sistema de secreção do tipo III. Eubacteria flagellum é fina e tem uma aparência semelhante a um pedúnculo, com um centro oco e composta de pequenas subunidades. Os encontrados em archaea, por outro lado, são mais curtos, mais largos e fixados diretamente na base. Ambos os organismos se reproduzem assexuadamente por meio do processo de fissão binária, seguida de brotamento e fragmentação. As eubactérias, entretanto, passam a formar esporos que podem permanecer dormentes por vários anos; esta característica não é expressa por archaea. Eubactérias e arqueobactérias compartilham vários habitats sobrepostos, como fontes termais, dentro da crosta da superfície da terra e nos corpos de plantas, animais e humanos. Ambos são adaptados à vida em condições adversas, mas as eubactérias preferem climas úmidos, enquanto as arqueobactérias gostam de locais quentes e secos
