A nova Constituição dos Estados Unidos da América, redigida em setembro de 1787 e finalmente ratificada por todos os 13 estados em 1790, obteve a aprovação substancial de Thomas Jefferson. Ele, no entanto, discordou sobre uma série de questões, muitas das quais foram tratadas por emendas posteriores.
Thomas Jefferson resumiu seus pensamentos sobre a nova Constituição em uma carta a Francis Hopkinson datada de 13 de março de 1789. Nessa carta, Jefferson aprovou, como ele colocou, a "grande massa" da nova Constituição. Em particular, ele endossou a consolidação do governo e sua organização nos ramos executivo, legislativo e judiciário. Ele também favoreceu a natureza bicameral da legislatura, bem como a forma diferente de votação entre as duas, o que em sua opinião permitiu um "compromisso feliz" entre os interesses dos Estados mais e menos populosos. Jefferson também concordou com o poder de tributação do governo federal.
Suas preocupações sobre a revogação dos direitos individuais pelo legislativo, bem como pelo executivo, foram abordadas na Declaração de Direitos, que foi ratificada e adicionada à Constituição em 1791. Seu interesse em limites de mandato para o executivo, no entanto, não foi abordado até que a 22ª Emenda limitou o executivo a dois mandatos. O Congresso aprovou a emenda em 1947 e todos os estados a ratificaram em 1951.
