A posição de Thomas Jefferson sobre a tarifa protetora foi negativa, embora ele aceitasse que era necessária. Jefferson já havia acreditado no livre comércio, mas acabou entendendo que ele nunca funcionaria a menos que todas as nações concordassem com isso, afirma a História dos Estados Unidos.
Jefferson acreditava que um governo central forte inevitavelmente ameaçaria as liberdades individuais. Ele favoreceu uma sociedade agrária mais simples. Embora as tarifas encorajassem o crescimento da cultura da cidade que Thomas desprezava, ele percebeu que eram um mal necessário. Jefferson também percebeu que tarifas e impostos eram as únicas maneiras de consertar a dívida da nação. Embora Jefferson fosse a favor da tarifa, ele pouco fez para apoiá-la, e seu partido Democrático-Republicano mostrou pouco interesse nela, afirma o The North Carolina History Project. Jefferson previu as consequências da tarifa, que apoiou a economia manufatureira e industrial, mas sua opinião era que uma economia forte e uma nação autossuficiente eram mais importantes do que seu sonho de uma sociedade agrária. Embora alguns dos apoiadores de Jefferson se sentissem traídos por sua posição na tarifa, havia, sem dúvida, um raciocínio forte e lógico por trás de sua decisão. Jefferson também definiu a tarifa como um meio de evitar a tributação direta dos cidadãos, afirma The Freeman.
