Protistas são organismos unicelulares que espalham doenças, seja por meio de infecção direta ou por meio de toxinas excretadas em alimentos e água. As infecções por protistas causam doenças gastrointestinais e do sistema nervoso, bem como problemas de pele e pulmões .
As amebas são protistas que causam uma série de doenças humanas. Eles são responsáveis pela disenteria amebiana, que causa diarreia grave, e por uma forma fatal de encefalite. As amebas também podem formar lesões nos olhos e na pele, levando a novas infecções ou cegueira.
Os dinoflagelados são protistas que causam a Maré Vermelha, uma forma de poluição da água. Eles esgotam o oxigênio da água do oceano, criando zonas mortas que não podem sustentar a vida animal. Os dinoflagelados também liberam uma toxina que mata os peixes. Os peixes que sobrevivem acumulam a toxina em sua carne, causando náuseas, vômitos e sintomas neurológicos nos humanos que os consomem. A toxicidade de dinoflagelados em humanos é conhecida como envenenamento por ciguatera ou marisco.
Os protistas também causam a doença do sono na África e a doença de Chagas, duas doenças relacionadas que ocorrem em diferentes continentes. Esses protistas são do gênero Trypanosoma e se espalharam para os humanos por meio de picadas de insetos. A doença do sono africana é endêmica nas partes ocidental e central da África, enquanto a doença de Chagas ocorre na América Central e do Sul.