A relação entre átomos e moléculas é a forma como as moléculas são compostas de átomos. Os átomos que estão em grupos de dois ou mais são chamados de moléculas.
Os átomos são a base da vida e são a menor parte de qualquer tipo de elemento. Tudo é composto de átomos e não há nada menor do que um átomo. Qualquer coisa menor que um átomo não faz mais parte do elemento original. A maioria, senão todos, os átomos permanecem juntos em grupos de dois ou mais. Esses agrupamentos, chamados de moléculas, são o que torna os elementos uma combinação complexa de diferentes componentes.
Existem muitas coisas diferentes que as moléculas fazem para ajudar a formar elementos maiores e melhores. Uma combinação de moléculas forma um composto. A água, por exemplo, é composta por elementos de hidrogênio e oxigênio, o que a torna um tipo de composto. Os compostos são sistemas complexos porque são um elemento formado por duas moléculas, que são compostas por dois ou mais átomos. Uma maneira fácil de determinar se algo é um átomo, composto ou molécula é que os átomos geralmente não têm nomes até serem formados em moléculas. As moléculas geralmente têm nomes, como hidrogênio ou oxigênio, e se formam juntas para fazer coisas com nomes verdadeiros, como água.