O líder mais famoso dos militares confederados foi Robert Edward Lee, que começou a comandar o Exército Confederado da Virgínia do Norte em 1º de junho de 1862. Ele se tornou comandante-chefe de todas as forças confederadas em 31 de janeiro de 1865, logo se rendendo ao General Ulysses S. Grant em 29 de março de 1865.
O general Thomas Jonathan Jackson, conhecido como Stonewall Jackson, foi responsável pela vitória durante a Primeira Batalha de Bull Run, Antietam, Fredericksburg e Harpers Ferry. Ele morreu durante a Batalha de Chancellorsville em 2 de maio de 1863. Samuel Cooper, Joseph E. Johnston e Nathan Bedford Forrest, que mais tarde fundou a Ku Klux Klan, também eram líderes do exército confederado.
