O comandante do exército Confederado era o General Robert E. Lee. Lee recebeu originalmente o comando do Exército da União pelo presidente Lincoln, mas ele rejeitou a oferta porque não queria lutar contra seus companheiros da Virgínia.
O General Robert E. Lee foi um oficial militar vitalício. Ele frequentou a Academia Militar dos Estados Unidos em West Point e se formou em segundo lugar em sua classe. Depois de recusar a oferta do presidente Lincoln de liderar o Exército da União, Lee ingressou no recém-formado Exército Confederado quando a Virgínia se separou dos Estados Unidos. Ele tentou invadir o Norte várias vezes, mas não teve sucesso. Em 1865, Lee se rendeu ao general Ulysses S. Grant no Tribunal de Appomattox para encerrar a Guerra Civil.