Um elemento é a descrição de um tipo de átomo, então um único átomo é representativo de um elemento, mas não do próprio elemento. "Um átomo" refere-se a uma entidade física; "um elemento" refere-se a um tipo de átomo.
Os átomos são definidos pelo número de prótons que contêm em seus núcleos. O elemento de hidrogênio se refere a átomos que contêm um único próton, enquanto os átomos de hélio contêm dois. Um isótopo é definido por quantos nêutrons existem no núcleo e as moléculas são descritas por quais átomos elas contêm. Água, por exemplo, contém um átomo de oxigênio e dois átomos de hidrogênio, então seu nome científico é monóxido de dihidrogênio.
