O puritanismo era a religião primária do New Hampshire colonial. A Igreja Puritana eventualmente deu lugar à Igreja Congregacionalista, que é uma combinação de crenças puritanistas com denominações protestantes, quacres e batistas.
Fora da Rhode Island colonial, o puritanismo era a religião dominante para todos os colonos da Nova Inglaterra. Os puritanos levavam uma vida religiosa estrita e os dissidentes eram tratados com severidade. Em 1689, o Parlamento inglês aprovou o Ato Tolerante, que impedia o castigo corporal para dissidentes, como cortar as orelhas dos quacres ou açoitar publicamente os batistas. Este ato liberou outras religiões para estabelecer igrejas nas colônias puritanas sem punição. O puritanismo e o congregacionalismo permaneceram a religião predominante até que o Grande Despertar acendeu o movimento protestante em meados do século XVIII.
