A religião predominante nas colônias da Nova Inglaterra era o Cristianismo, mas em linhas marcadamente diferentes da Igreja Anglicana (ou Igreja da Inglaterra) da qual os colonos haviam fugido. A abordagem puritana ao Cristianismo era distanciar suas práticas do catolicismo, uma tarefa que eles consideraram que o anglicanismo falhou. Especificamente, eles rejeitaram a estrutura episcopal (hierárquica) da Igreja Anglicana, com sua classificação de vigários, bispos e arcebispos, e procuraram implementar uma estrutura congregacionalista pela qual cada igreja, ou congregação, seria mais ou menos independente e autogovernada .
Essa estrutura congregacionalista permitia que as igrejas organizassem seus próprios impostos e contratassem, além de demitir, seus próprios ministros. Eles também eram altamente seletivos quanto ao número de membros, apesar do fato de que a freqüência à igreja era obrigatória. Os altos padrões da Igreja Puritana dificultaram sua sobrevivência através das gerações, e os líderes da igreja foram forçados a abrandar seus requisitos com o "Pacto de Meio-Caminho" em 1662. Isso permitiu que crianças batizadas que se recusassem a dar testemunho fossem admitidas como membros parciais , mas não a santidade, o que lhes teria permitido votar nos assuntos da igreja e tomar a comunhão.
Os puritanos religiosamente idealistas também eram conhecidos como Não-Separatistas, a fim de distingui-los do grupo mais radical, embora muito menor, de reformistas da igreja conhecidos como Separatistas. Este grupo, talvez mais conhecido como os Peregrinos da Colônia de Plymouth, havia chegado antes dos Puritanos, buscando uma ruptura muito mais radical com as tradições da Igreja Anglicana.
