Um zigoto contém dois conjuntos de cromossomos, um de cada pai. Os dois pares de cromossomos somam 46 cromossomos no total em humanos.
Um zigoto é o resultado final da combinação de duas células sexuais. Isso ocorre durante a fertilização, quando um espermatozóide masculino fertiliza o óvulo de uma mulher. Cada célula sexual contém 23 cromossomos. Os cromossomos determinam o sexo da prole. A célula sexual masculina contém um X ou Y, enquanto a célula feminina possui apenas um cromossomo X. Se uma célula masculina fertiliza uma célula sexual feminina com um cromossomo Y, a prole é do sexo masculino.