Quando um indivíduo se refere ao reino dos fungos, fungo é o nome científico correto para todos os organismos classificados como fungos. Os fungos do reino podem ser divididos em sub-reinos, filos e subfilos.
Por exemplo, o filo chytridiomycota contém alguns dos primeiros fungos evoluídos. Outro filo, zygomycota, consiste em fungos terrestres que só possuem septos em áreas reprodutivas. O filo ascomycota inclui leveduras e bolores.
Cada espécie de fungo tem um nome científico. Amanita flavoconia, uma espécie de cogumelo, faz parte da ordem agaricales e do filo basidiomycota, além dos fungos do reino.
