A principal função do intestino delgado é absorver alimentos e nutrientes. Quando o alimento entra no estômago, o ácido começa a se decompor e alguns nutrientes são absorvidos no estômago. Em seguida, o alimento passa para o intestino delgado, onde as enzimas e o bicarbonato de sódio fluem do pâncreas para neutralizar qualquer ácido estomacal remanescente e quebrar os nutrientes restantes. O intestino grosso absorve água e cria matéria fecal.
O intestino delgado também desempenha um papel no sistema imunológico do corpo. A flora intestinal probiótica não apenas ajuda na digestão de compostos problemáticos, mas também aumenta a resposta imunológica do corpo.
Quando o alimento entra no intestino delgado, o corpo lida com cada tipo de molécula de maneira diferente. Os lipídios se decompõem em ácidos graxos e glicerol, enquanto as proteínas se decompõem em aminoácidos e peptídeos para fácil absorção pelo corpo. Os carboidratos podem se decompor em açúcares simples, mas as moléculas de carboidratos complexos podem passar pelo intestino delgado relativamente intactas. Assim que atingem o intestino grosso, as bactérias os decompõem e produzem gases intestinais como subproduto. É por isso que alimentos ricos em carboidratos complexos, como feijão, podem causar desconforto intestinal. Para combater esse efeito, enzimas especiais quebram os carboidratos complexos antes que as bactérias tenham a chance de consumi-los, evitando a liberação de gases.