Os protozoários são uma fonte indireta de alimento para o homem, peixes e outros animais. Os protozoários também desempenham um papel importante na purificação da água, decompondo os resíduos orgânicos presentes na água. Os garimpeiros usam os depósitos esqueléticos de protozoários marinhos para apontar a localização do petróleo. Os protozoários também causam malária, uma infecção que mata e enfraquece milhões de pessoas todos os anos, afetando sua capacidade de trabalhar.
Os protozoários controlam a população de bactérias do solo alimentando-se delas. Ao regular as populações de bactérias, os protozoários garantem que sejam mantidos na fase de crescimento ativo. Isso aumenta a taxa na qual as bactérias do solo decompõem a matéria orgânica morta. Os protozoários também excretam fósforo e nitrogênio na forma de amônio e ortofosfato. Esta excreção metabólica ajuda a enriquecer o solo e aumentar o crescimento das plantas.
Os biólogos usam protozoários como bioindicadores. A presença ou ausência de protozoários específicos em um ambiente pode indicar distúrbio ecológico ou integridade. Como os protozoários absorvem e acumulam toxinas ambientais, eles também podem ser coletados e analisados quanto à presença de substâncias tóxicas específicas.
Os depósitos esqueléticos de protozoários marinhos mortos fossilizados e convertidos em importantes rochas sedimentares. Eles foram colocados em uma variedade de usos comerciais, como pedras de construção, agentes de filtragem e abrasivos.
