A diferença entre o fluoreto estanoso e o fluoreto de sódio é que apenas o primeiro mata as bactérias, enquanto ambos demonstraram reconstruir o esmalte. O fluoreto estanoso também tem a desvantagem de manchar os dentes quando está incluído em um composto que contém estanho.
O fluoreto estanoso foi um ingrediente adicionado à pasta de dente na década de 1950, até que uma alternativa mais saborosa e mais barata, o fluoreto de sódio, foi desenvolvida. O fluoreto estanoso é útil para pessoas cujas glândulas salivares não produzem saliva suficiente. A saliva é importante porque ajuda a proteger contra o ácido e a cárie dentária. O fluoreto estanoso deve ser aplicado após a escovação, uma vez ao dia ou conforme orientação do dentista e deixado por 30 minutos antes de o paciente voltar a comer ou beber. Não deve ser usado como pasta de dente comum. Os pacientes devem informar ao dentista ou farmacêutico sobre qualquer alergia que tenham antes de usar este produto e mencionar qualquer histórico de feridas na boca.O fluoreto de sódio, que está presente em muitos cremes dentais comerciais, também pode ser usado como suplemento oral. Nesse caso, o consumidor deve ter cuidado para não exceder a dosagem diária recomendada de várias fontes combinadas. Como o flúor é adicionado à água potável de muitas comunidades, o governo emitiu diretrizes sobre a ingestão de flúor por bebês, crianças, adolescentes e adultos.