As amebas pertencem ao domínio eukarya, o protista do reino, o phyllum protozoa, a classe rhizopoda, a ordem amebida e a família amebidae. Esta é a classificação científica do gênero ameba, que inclui muitos espécies de ameba.
A classificação dos seres vivos em biologia é chamada de taxonomia, nomenclatura ou esquema. Amoeba proteus é um exemplo representativo da espécie, cujos membros são caracterizados por uma forma amorfa e um método de propulsão facilitado por um recurso denominado pseudópode. Essa característica da ameba também é fundamental para a alimentação. Todos os protistas, incluindo a ameba, são animais unicelulares contendo um núcleo.
Especificamente, as amebas são parte do filo Amoebozoa, conforme descrito por Max Lühe em 1913. Em 2002-2003, elas foram colocadas no reino Protozoa por Thomas Cavalier-Smith. Eles também são classificados sob o domínio Eukaryota, conforme descrito em 1998 por Cavalier-Smith. A espécie ou gênero foi descrito pela primeira vez em 1822 por Bory de Saint-Vincent e posteriormente adicionado à família Amoebidae. Existem quatro subespécies principais de amebas identificadas em 2014.
