O septo interventricular divide o ventrículo esquerdo do ventrículo direito, evitando assim que o sangue oxigenado se misture com o sangue desoxigenado. Sem essa separação, o corpo não seria capaz de obter o nível de oxigênio de que necessita para subsistência. O septo também contribui para a forma e estrutura do coração.
Dentro do coração, os ventrículos são responsáveis por fornecer ao corpo sangue rico em oxigênio. O ventrículo esquerdo maior bombeia sangue para a maior parte do corpo, enquanto o ventrículo direito envia sangue para os pulmões. Se o sangue oxigenado do ventrículo esquerdo se misturasse ao sangue desoxigenado do ventrículo direito, a integridade e eficácia do sistema seriam interrompidas, impedindo o corpo de receber um amplo suprimento de oxigênio.
O septo cumpre a função de manter os dois ventrículos separados. É principalmente feito de músculos grossos. É inclinado para trás e para a direita. Sua curva à direita forma uma porção da câmara do ventrículo direito.
A parte superior do septo separa o vestíbulo aórtico do átrio direito. Esta porção tem uma estrutura altamente fibrosa.
O defeito do septo ventricular é um distúrbio caracterizado por um orifício no septo. Ocorre mais comumente em bebês recém-nascidos.