O intestino delgado tem três porções principais: o duodeno, o jejuno e o íleo. O duodeno é a primeira parte do intestino delgado, localizada logo após o estômago no trato intestinal. O jejuno segue o duodeno, e o íleo é a porção final do intestino delgado encontrada imediatamente antes do intestino grosso.
O duodeno, ou primeira parte do intestino delgado, recebe o conteúdo do sistema digestivo do estômago por meio de uma faixa estreita de músculos conhecida como esfíncter pilórico. Esta parte do intestino delgado tem aproximadamente 25 centímetros de comprimento e é o local onde as enzimas digestivas do pâncreas e da vesícula biliar deságuam no intestino delgado. O conteúdo do estômago é muito ácido quando entra no duodeno. O bicarbonato do pâncreas é liberado no duodeno para neutralizar o conteúdo digestivo e evitar que o ácido danifique o revestimento duodenal.
O alimento parcialmente digerido é empurrado através do duodeno para o jejuno por contrações musculares em forma de onda conhecidas como peristaltismo. O jejuno tem entre 3 e 6 pés de comprimento e é a parte do intestino delgado onde ocorre a maior parte da digestão química e absorção de nutrientes. Quando chega ao final do duodeno, o alimento parcialmente digerido viaja por cerca de 2 a 3 metros do íleo, a parte anterior do intestino delgado onde ocorre a digestão e a absorção adicionais. Em seguida, é esvaziado no intestino grosso através do esfíncter ileocecal.