Os inimigos naturais dos morcegos incluem corujas, falcões, falcões, cobras e gatos domésticos. No leste da América do Norte, a síndrome do nariz branco de infecção fúngica está causando um impacto devastador na população de morcegos desde 2014 .
As corujas não se alimentam exclusivamente de morcegos, mas estão entre os principais predadores de morcegos devido aos seus hábitos noturnos. A capacidade de uma coruja de voar silenciosamente permite que ela capture morcegos voadores com facilidade. Duas espécies de raptores, o falcão-morcego e o falcão-morcego, têm uma dieta que consiste principalmente em morcegos. Os falcões-morcego são pequenos raptores nativos do norte do México e partes da América do Sul. Muitas vezes empoleiram-se e esperam por uma presa em potencial e às vezes até sacodem galhos para despertar a presa. O falcão-morcego é uma ave de rapina da África, da Península Malaia e da Nova Guiné. Frequenta os ninhos de morcegos e andorinhões, onde consome mais de 10 animais por minuto.
Em algumas partes do mundo, as cobras e os gatos domésticos atacam os morcegos. As cobras se escondem em árvores ou em entradas de cavernas para agarrar morcegos emergentes. Os gatos domésticos ocasionalmente tiram morcegos de abrigos durante o dia e são até capazes de agarrar os animais no meio do vôo.
Em 2014, a síndrome do nariz branco é responsável pela perda de quase 6 milhões de morcegos no leste da América do Norte desde seu surgimento, em Nova York, em 2006. A doença interrompe a hibernação dos morcegos, fazendo com que os animais acordem com muita frequência e acordem queimar reservas críticas. Além disso, as estruturas de alimentação do fungo penetram no tecido e fazem buracos nas asas dos morcegos.
