Os morcegos são comumente atacados por outros animais noturnos, como corujas e falcões, que podem voar silenciosamente sem serem detectados e capturá-los enquanto ainda estão em vôo. As cobras também são outro predador bem camuflado de morcegos comedores de frutas.
Os morcegos podem ser particularmente vulneráveis a cobras quando estão empoleirados em casas de morcegos acessíveis. As cobras são escaladores habilidosos com a habilidade de ficar à espreita na abertura de cavernas de morcegos. Doninhas, guaxinins, visons e até algumas tarântulas são caçadores oportunistas que também consideram os morcegos uma refeição saborosa.
No entanto, o homem é a maior ameaça para os morcegos. A captura, a invasão humana e a resultante destruição do habitat cobraram seu preço. Em alguns países onde os morcegos são considerados uma fonte viável de alimento, a caça representa uma séria ameaça para as populações de morcegos.
