Uma diferença principal entre protistas e bactérias é que os protistas são organismos eucarióticos, enquanto as bactérias são procariontes. Outra diferença é que os protistas pertencem ao reino Protista, enquanto as bactérias são membros do reino Monera. As bactérias são organismos unicelulares que não contêm organelas como um núcleo ou cloroplastos.
Protistas também são organismos unicelulares, mas têm um núcleo e outras organelas intracelulares. Exemplos de protistas são ameba e paramécio.
Algumas semelhanças entre esses dois organismos são que ambos podem ser organismos unicelulares, que podem ficar em uma posição ou se mover através de estruturas como os flagelos. Outra semelhança é que os membros de cada reino podem ser autótrofos ou heterótrofos. Autótrofos podem fazer sua comida, enquanto heterótrofos não podem fazer isso.
