As principais desvantagens da caça às baleias incluem a potencial extinção de algumas espécies de baleias, os níveis inseguros de mercúrio que a carne de baleia pode conter e os danos potenciais aos ecossistemas que a remoção das baleias pode causar. Além disso, as baleias assistir é um negócio lucrativo em muitas partes do mundo, e a caça às baleias pode ter um impacto nessa atividade, de acordo com o Nature Publishing Group.
Um grande problema com os centros baleeiros é o impacto sobre as populações de baleias. Por exemplo, as baleias cinzentas estão extintas no Atlântico há centenas de anos. Também se acredita que pode haver apenas 4 por cento da população total de baleias azuis que viveu antes do início da exploração.
Menos baleias também podem causar impacto no ecossistema. Quando uma baleia morre, seu corpo afunda no fundo do oceano. No fundo do oceano, o corpo de uma baleia fornece alimento para muitas criaturas diferentes que normalmente não têm acesso a um suprimento de comida tão abundante.
Embora muitos defensores da caça às baleias afirmem que a prática cria empregos e coloca dinheiro na economia, ela também tem o potencial de prejudicar a economia de um país. Estima-se que o turismo marinho relacionado à observação de baleias pode gerar US $ 413 milhões a cada ano. Além disso, a carne de baleia, que é uma fonte de renda da caça às baleias, pode conter níveis perigosos de mercúrio e levar ao envenenamento por mercúrio.