Os aspectos negativos da clonagem incluem complicações de desenvolvimento, genes anormais e baixas taxas de sucesso. Também existe a possibilidade de que um clone humano seja incapaz de se integrar totalmente aos papéis familiares e sociais.
A clonagem é amplamente malsucedida porque o processo de transferência nuclear de células somáticas é problemático. A taxa geral de sucesso para uma transferência de núcleo é de 0,01 a 3 por cento. Também há uma alta taxa de falha para gravidezes decorrentes da clonagem. Outro fator de risco é o óvulo e o núcleo não se formarem de forma coesa para completar o processo de clonagem.
Animais clonados tendem a ser maiores do que suas contrapartes não clonadas. Isso é conhecido como Síndrome da Prole Grande, e os animais que sofrem com isso são propensos a órgãos grandes, o que causa complicações na respiração e no fluxo sanguíneo. Animais clonados também sofrem de problemas imunológicos, cerebrais e renais.
Também existe a probabilidade de os clones envelhecerem mais rapidamente devido a um núcleo transferido já desgastado. Os cientistas estão preocupados com o fato de que os cromossomos podem ter propriedades comprometidas que levam a um maior envelhecimento. Os especialistas alertam sobre as complicações de desenvolvimento que também podem surgir desse problema.
Muitos levantam questões sobre as deformidades que podem ocorrer na clonagem humana, e a clonagem humana levanta certas questões éticas. Por exemplo, os oponentes afirmam que os clones humanos efetivamente não teriam autodeterminação porque seria esperado que eles agissem como seu original genético.
